З 1994 року в ЕКВ починають формуватися інформаційно-довідкова колекція холодної зброї (відповідальний Іванов В.О.) та інформаційно-довідкова колекція вогнепальної зброї (відповідальний Бондар Ю.В.).

У грудні 1997 року створюється вибухотехнічна служба при ЕКВ УМВС. Розпочинається підбір кадрів для заміщення вакантних посад.

Розширюється штат відділення спеціальних досліджень. З 1996 року новим напрямком роботи відділення стає дослідження харчових продуктів, в тому числі й спиртовмісних рідин.

В цей час створюються нові актуальні напрямки дослідження: пожежно-технічні та комплексні дослідження транспортних засобів.

У 1998 році було створено групу комплексних досліджень транспортних засобів ЕКВ ММУ, яке очолив капітан міліції Барановський Володимир Федорович. У групі працювали експерт майор міліції Петрук Микола Васильович та капітан міліції Журавель Володимир Петрович. В цей період ЕКВ мав на балансі автомобілі ЛУАЗ та РАФ.

В підвальному приміщенні адмінбудівлі УМВС розташовувалася ядерно-фізична лабораторія та кімната для проведення контрольного відстрілу зброї.

Першим начальником НДЕКЦ при УМВС України в Миколаївській області був підполковник міліції Козлов Федір Михайлович, його заступниками – підполковник міліції Коновалов Володимир Васильович та майор міліції Торхов Олексій Валентинович, помічником по кадрам - капітан міліції Коваленко Валентина Петрівна, першим начальником відділу криміналістичних експертиз – підполковник міліції Кіян Тетяна Миколаївна, начальником відділу спеціальних видів досліджень – капітан міліції Венгрус Віталій Васильович, начальником вибухотехнічного відділу – капітан міліції Ахатов Булат Вахітович. Криміналістичний центр розташовувався спочатку на 4-му поверсі адмінбудівлі УМВС, а з 2000 року центру була виділена окрема будівля за адресою: м. Миколаїв, вул. Знаменська, 6.

У цей період розвиваються нові напрямки досліджень: з 2000 року в НДЕКЦ проводяться судово-бухгалтерські та будівельно-технічні дослідження, а також дослідження вибухових речовин та слідів продуктів пострілу.

Налагоджується співробітництво НДЕКЦ з миколаївською НВФ «Спектр» щодо створення приладу перевірки дійсності документів. На основі пропозицій НДЕКЦ спеціалістами НВФ «Спектр» розроблено кілька версій приладів. Одна з версій «Спектр-ВидеоМ» подарована НДЕКЦ і успішно використовувалася протягом кількох років експертами-криміналістами при проведенні досліджень.

За замовленням НДЕКЦ миколаївським заводом «Ніконд» виготовлено партію приладів електролітичної обробки «ИТС-2У», що використовувалися спеціалістами з комплексного дослідження транспортних засобів для виявлення змінених номерів вузлів та агрегатів.

З 2000 року за ядерно-фізичною лабораторією закріплюється автомобіль «ВАЗ-2105». У 2001 році в НДЕКЦ з’являється пересувна криміналістична лабораторія, обладнана на базі автомобілю ГАЗ-2705. Розширюється автопарк та штат експертної служби. Встановлюється автоматизована дактилоскопічна система «Декса».

У листопаді 2001 року начальником НДЕКЦ став полковник міліції Бондар Юрій Васильович.

У цей період новим напрямком роботи НДЕКЦ стає проведення судово-бухгалтерських експертиз та досліджень. Працівники базової ядерно-фізичної лабораторії приймають участь у оперативно-розшукових заходах на території інших областей півдня України.